Fudbalski klub Spartak osnovan je 1945. godine odmah po završetku drugog svetskog rata.

Godinu dana ranije, 1944. u Subotici je postojao Ž.A.K. - Železnički Atletski Klub koji je išao na turneje po oslobođenoj Srbiji i igrao prve posleratne fudbalske utakmice. Po rasformiranju Ž.A.K.-a od kojeg potiču krila, železnički znak na grbu F.K. Spartaka, odlukom samih fudbalera koji nisu hteli pripadati nijednom od dva novoformirana kluba Radnički ili Građanski, oformljen je F.K. Spartak. Novi klub dobio je ime po legendarnom subotičkom predratnom atletičaru i ratnom komandantu Jovanu Mikiću – SPARTAKU, koji je taj nadimak dobio zbog svoje snage po nadimku rimskog gladijatora Spartaka.

Jovanu Mikiću Spartak je biočlanu atletske reprezentacije, državnom rekorderu u troskoku i petoboju. Poginuo oktobra 1944, prilikom oslobađanja Subotice, kao komandant Subotičkog partizanskog odreda.

Današnji naziv je usvojen 1952.

U sportskom društvu je pored fudbalske bilo još 15 sekcija: atletika, boks, odbojka, rukomet, rvanje, stoni tenis, tenis, biciklizam, dizanje tereta, košarka, hokej na ledu, plivanje, vaterpolo i šah, u kojima je bilo oko 1600 članova. To je u prvim godinama posle Drugog svetskog rata, bilo je jedno od najboljih sportskih društava u Vojvodini i Srbiji.

FK Spartak se takmičio u vojvođanskoj, srpskoj, Drugoj i Prvoj ligi Jugoslavije. Bio je učesnik Prvog klupskog prvenstva Jugoslavije 1946/47 i od tada stalno gravitiraju između Prve i Druge lige. Najveće uspehe klub je postigao plasirajući se dva puta u finale Kupa Jugoslavije 1961/62. kada je izgubio od OFK Beograda sa 4:1 i 1993/94. od Partizana 3-2 i 6-1.

Klub je u svojim prvim godinama bio dosta aktivan, nastavili su tradiciju subotičkih fudbalera koji su pre drugog svetskog rata ušli u istoriju našeg fudbala, kada su brodovima uplovili u Beograd i kada je obala bila prepuna Beograđana koji su došli da vide Subotičane koji će im pokazati kako se igra nova igra FUDBAL!

Među osnivačima Spartaka najviše se istakao Joška Takač. Čovek koji je kompletno bio posvećen fudbalu. On je, a što je zabeleženo u biltenu U.E.F.A., prvi čovek koji je primenio tehniku duplog pasa i jedan od prvih u svetu uvideo neminovnu evoluciju sistema 4-2-4. Čuvena je i njegova rečenica: „Spartak, to je sportska religija i najdublje verovanje“.

Spartak je u svojoj bogatoj istoriji dao mnogo dobrih fudbalera. Najbolji su svakako bili oni sa samih početaka kluba na čelu sa Tihomirom Batom Ognjanovim koji je kasnije postao jedan od najvećih fudbalera u istoriji Spartaka, Crvene Zvezde i reprezentacije Jugoslavije. Ipak fudbaler koji je ostvario najveći uspeh na međunarodnom planu je naravno Antal Puhalak, koji je iz Spartaka direktno prešao u špansku Celtu iz Viga za tada astronomski transfer od 660.000 nemačkih maraka. 

Najbolji strelac u istoriji Spartaka je Sljepčević sa 282 postignuta gola. U novijim vremenima kroz Spartak na putu do slave prošli su i Nemanja Vidić, Nikola Žigić i Ognjen Koroman.

U vremenima iza sebe Spartak je 18 puta igrao prvu ligu, što bivše Jugoslavije, što Srbije i Crne gore, trideset puta drugu ligu i dva puta Vojvođansku ligu. Najveći uspeh kluba su dva finala državnog kupa, prvo  šezdesetih godina prošlog veka protiv O.F.K. Beograda i drugo koje je Spartak igrao protiv Partizana u Subotici 1994. godine, kao i godinu dana ranije peto mesto u sezoni 92/93: 1. Partizan,  2. C.Zvezda, 3. Vojvodina, 4. O.F.K.Beograd, 5. Spartak...