Osnovan je 1918. godine kao JSK Zora, da bi više puta ime kluba bilo menjano u SK Sparta (1921), JSK Daca (1926), Jagodinski SK (1935), a nakon 1945. klub je nosio ime FK Polet.
U vreme obnove nakon Drugog svetskog rata intencija partije je bila - da gradovi i klubovi dobijaju imena po nekadašnjim revolucionarima i narodnim herojima. Tako je 1946. Jagodina, po Svetozaru Markoviću dobila ime Svetozarevo, a SD Polet menja ime u SD Nikčević, u znak sećanja na narodnog heroja Radisava Nikčevića.

Krajem 1949. godine promenjeno ime u SD Sloga, a kasnije u FK Mladost (1951.) i potom u FK Morava (1954.).

Pod pritiskom svetozarevačkih političara 1962. godine izvršena je fuzija tri kluba - Morave, OFK Kablova i Jedinstva u FK Jagodina. Najveći uspesi u sezonama 1970/71. i 1981/82 je bio ulazak u Prvu srpsku ligu, a neuspesi tavorenje u Kragujevačkom podsavezu.

Od prvih početaka do danas, najviše utakmica odigrao je Marko Sabljić - Dikanče (904), dok je najbolji strelac svih vremena profesor Nikola Milosavljević sa 762 gola.

Osim u sezoni 1993/94 kada su igrali u Drugoj ligi - Istok, nisu se takmičili u saveznom rangu. U poslednje dve sezone beleže vrtoglav uspeh. Nakon zamene mesta sa Jedinstvom (Donja Mutnica) u sezoni 2006/07, posle dužeg vremena opet su došli u priliku da igraju srpskoligaški fudbal. Prvobitni cilj je bio opstanak, ali kako se prvenstvo odvijalo, beležili su sve bolje rezultate i na kraju zasluženo osvojili titulu u Srpskoj ligi Istok i plasirali se u Prvu ligu Srbije.

Najuspešnija sezona bila je 2007/08. kada su uspeli da se plasiraju u Super ligu Srbije.