Klub je osnovan 1880. godine kao St. Marks, 1887. postaje Ardvikk A.F.C. pre nego što je promenio ime u Mančester Siti 1894.

Klub je osvojio državno prvenstvo dva puta, FA kup četiri puta, i jednom Kup pobednika kupova. Najuspješniji period kluba bio je u kasnim 1960.-im i ranim 1970.-im, kada su osvojili nekoliko prestižnih trofeja pod vodstvom Džoa Mersera, i s igračima poput Kolina Bela i Fransisa Lea.

Mančester Siti zadnji je trofej osvojio još 1976. a u 90.-tima je dva puta u tri godine ispadao u niži rang takmičenja, te su čak igrali u engleskoj trećoj ligi. Međutim, od tada klub je znatno napredovao i zadnjih godina igra važnu ulogu u engleskom šampionatu.

Od 2007. godine predsednik kluba je bivši tajlandski premijer Takšin Šinavatra koji kupuje većinski paket deonica u vrednosti od 81.6 miliona funti. Sledeće godine, klub je kupila privatna firma iz Ujedinjenih Arapskih Emirata za 200 miliona funti.

Uspesi kluba:

Šampioni Engleske 3 puta: 1937, 1968, 2012.
FA Kup 5 puta: 1904, 1934, 1956, 1969, 2011
Liga Kup 2 puta: 1970, 1976.